El Seminario Menor y el Seminario Mayor funcionaban conjuntamente hasta que el Sínodo Diocesano de 1871, en cabeza del Mons. Valerio Antonio Jiménez, decreta la separación de ambas instituciones. Pero es sólo hasta 1943, un poco más de 60 años, que se efectúa concretamente tal separación con Mons. Joaquín García, Arzobispo de Medellín, quien decretó la fundación del Seminario Menor en la ciudad de Medellín, como órgano independiente del Seminario Conciliar de la Arquidiócesis de Medellín.
Sus estudios fueron aprobados por el Ministerio de Educación nacional bajo la resolución número 60 del 23 de enero de 1959 con la que faculta para otorgar el título de bachiller.